La protagonista es Utena Tenjou, una chica que de pequeña conoció un príncipe. El cual le dio un anillo y prometió que un día ese mismo anillo haría que se reencontraran. Utena quedó tan impresionada de aquel encuentro que de mayor quiso ser ella misma un príncipe. La historia comienza cuando Utena empieza a estudiar en la elitista academia Ohtori, sabiendo que su príncipe se encuentra ahí. El hecho de que Utena vista como un chico, tenga un carácter mucho más directo y rebelde que el resto de chicas, además de un rendimiento superior al de los chicos en casi cualquier deporte, junto con un físico destacable, hacen que Utena sea una de las alumnas más admiradas, y no tardará en llamar la atención de los que, a su vez, forman parte de la élite de la academia. El anime y el manga, si bien tienen muchos puntos en común, no siguen el mismo desarrollo ni cuentan la historia con el mismo detalle.
Una de las partes principales de la serie son los duelos a espada. Cada contrincante lleva en su pecho una rosa, y debe intentar alcanzar la de su adversario con la espada, momento en el que la pelea termina y el ganador obtiene como trofeo la posesión de Anthy Himemiya, una de las alumnas de la academia. Anthy, la Novia de la Rosa, contiene el poder para revolucionar el mundo. Sólo Anthy y aquellos que tengan un anillo como el de Utena se les permite la entrada al lugar donde se desarrollan los duelos. El ganador vigente debe batirse en duelo con todo aquél que le rete y tenga también el permiso de El Fin del Mundo para luchar.
